疾控中心实验室是一个专业度较高的生物医疗工程。疾控中心实验室讲究的是一个整体建设，应该根据CDC日常工作的特点，如实验项目范围较广、需要应付突发事件、今后发展功能扩展的需要等原则进行规划和设计。
选址要求
选址应符合当地城市的总体规划和布局要求；并宜符合下列要求：利用城市基础设施；地形比较规整、交通方便；不宜与市场、学校、幼儿园、公共娱乐场所毗邻；应该避开化学、生物、噪声、振动、强电磁场等污染源及易燃易爆场所；此外，总平面布置应充分利用地形地貌，科学布置各类建筑，正确处理功能分区之间的相互关系，合理组织人流、物流。
流和物流
1）人流：
初更室—气闸更衣室—淋浴更衣室—缓冲室—进入实验区。
2）物流
物流：设计成单向性的，从专门的库房（或暂存间）进入缓冲间，再进入实验室。
物流和人流的路径应分开，特别是有净化要求的区域和有较严重污染物产出的区域。同时将物流分为干净和污染物分别走的通道，可以避免交叉污染。一般高于三层的建筑物，建议设置电梯比较好。
三废处理
a.废水：废水处理的方法是根据废液的性质确定的处理方法的。一般采取的方法有：化学处理方法、物理处理方法、生物处理方法。
由于疾控实验室排放废水里包含大量细菌病毒，而且还有重金属和有机物，成分复杂，所以常常采用絮凝沉淀、生物降解、多重吸附、消毒杀菌、复合过滤为一体的处理模式。
b.废气：废气处理可采用的方法有：加热灭菌方法、高效过滤器方法、混合灭菌方法、火焰灭菌方法等。
c.固体废料：固体废料的处理方法有：蒸汽灭菌方法、气体熏蒸方法、液体浸泡方法、辐射灭菌方法、焚烧处理方法等。
建筑
主体结构采用土建方法，有抗8级以上地震能力，在温度变化和振动情况下不产生裂纹和缝隙，建筑为单层和多层均可。尽可能是独立的多层建筑，按工艺要求分层划区，便于实验和管理。
1）墙板和顶板
室内装修材料与洁净厂房的装修材料不一样，彩钢复合板不宜在疾控中心实验室中使用；原因在于板与板之间的插接缝隙太大，虽然打胶密封，但在四季温度变化中很快裂出缝隙。
2）地面
地面应光滑、平整、不起灰、耐腐蚀、耐冲击、不积聚静电、易除尘清洗。
3）净化设备
根据病原性微生物的生物危害和致病特点，要合理匹配实验室房间和净化设施，每个实验项目与净化设施要自成系统，而且操作中的传递距离要最近，尽可能是在净化设施内传递，这样净化设备可以制造成群组性的，传递停留处设有气闸仓，而且每个实验阶段的净化设备要独立房间自成系统，房间之间用气闸仓连接，防止环境污染。
不同的实验项目，采取不同的洁净技术手段。如放射性元素的实验室净化，就区别于其它的实验室净化。在制造净化设备时，在结构上要安装防射线穿透的材料，根据放射性元素的惯性和扩散原理，采用雾化离心技术，并且根据放射性元素的衰变期来决定排放控制方法和时间。在制造净化设备时，可以安装机械手和电视监控系统。
疾控中心实验室要有高水平的自动化控制系统和安全报警系统，有的房间要设立平衡压力的值班风机，要害房间要安装紧急关闭系统和自救逃生系统，确保疾控中心实验室的安全使用。
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