超净工作台和生物安全柜的主要区别是：
1.生物安全柜是一种在微生物学、生物医学、基因重组、动物实验、生物制品等领域的科研、教学、临床检验和生产中广泛使用的安全设备，也是实验室生物安全中一级防护屏障中最基本的安全防护设备。
2.生物安全柜是一种负压的净化工作台，正确操作生物安全柜，能够完全保护工作人员、受试样品并防止交叉污染的发生；而超净工作台只是保护操作对象而不保护工作人员和实验室环境的洁净工作台。因此，在微生物学和生物医学的科研、教学、临床检验和生产中，应该选择和使用生物安全柜，而不能够选择和使用超净工作台。
3.超净工作台，为了保护实验材料而设计的，通过风机将空气吸入预过滤器，经由静压箱进入高效过滤器过滤，将过滤后的空气以垂直或水平气流的状态送出，使操作区域达到百级洁净度，保证生产对环境洁净度的要求。 只能保护样品，不保护操作人员。
4.从洁净级别看，生物安全柜也比超净工作台高级。
超净工作台的优点是操作方便自如，比较舒适，工作效率高，预备时间短，开机10分钟以上即可操作，基本上可随时使用。
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