海底科学与划界全国重点实验室由上海长兴海洋实验室、自然资源部第二海洋研究所、上海交通大学于2024年6月完成重组，12月获科技部批准建设。实验室以海底科学为指导，以海底精密探测为抓手，以多学科交叉融合和技术创新为动力，依托国家大科学装置和国际大科学计划，开展以增强原始创新能力为核心的基础研究、应用基础研究和基础性工作，在国际海底科学与探测领域形成特色和优势，为国家海洋权益科技进步作出重要贡献的全国重点实验室。
实验室现有中国工程院院士2名，拥有“大陆架划界关键技术”科技部创新团队、“控制理论与方法”基金委创新群体、“海底科学与资源权益”全国专业技术人才先进集体，基本形成了一支以高水平学术带头人为核心、中青年科学家为中坚力量、结构合理的科研队伍。
实验室紧紧围绕“海底动力过程与生境演化”、“海底多场传感与协同探测”和“大陆架划界机理与智能决策”三大重点任务方向开展研究攻关，发展海底科学与大陆架划界理论，攻克深海探测关键技术，形成全球大陆架划界科技支撑能力，维护我国大陆架划界国家主权安全。
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